微生物(microorganism简称microbe)是包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体，它个体微小，却与人类生活密切相关。一般将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。微生物在自然界中可谓“无处不在，无处不有”，涵盖了有益有害的众多种类，广泛涉及健康、医药、工农业、环保等诸多领域。
（一）微生物与医疗保健
首先，微生物学对于医疗保健起了巨大的推动作用。由于微生物学各种方法的出现，许多严重危害人畜的病原微生物被分离出来，如炭疽芽胞杆菌、麻风分枝杆菌、肺炎链球菌、伤寒沙门氏菌、结核分枝杆菌、鼠疫巴斯德氏菌等。科学家发明了减毒型牛痘结核杆菌制成的bcg，让人类在病原菌的面前，有了主动性。上世纪初的青霉素的出现，引发了发掘抗生素宝库的热潮，链霉素、氯霉素等相继出现。如今，基因工程菌药物的应用，更是带来巨大的医疗价值和商业价值。微生物酵素可调节血压、调节肠胃功能、调节免疫功能、护肝、治疗糖尿病的保健功效，微生物酵素的美白、抗衰老、去痘和防腐的美容功效。微生物酵素就是益生菌。益生菌（Probiotics），是指改善宿主微生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主健康水平和健康状态的活菌制剂及其代谢产物，益生菌存在于地球上的各个角落里面，动物体内有益的细菌或真菌主要有：乳酸菌、双歧杆菌、放线菌、酵母菌等。
（二）微生物与工业生产
微生物的特点是种类多、分布广、生长迅速、繁殖速度快、代谢能力强、适应性强、容易培养。工业生产中，可根据微生物的特点选择适宜的微生物。有的微生物从自然界中分离出来就能被利用，有的需要对分离到的野生菌株进行人工诱变，得到突变株才能被利用。当前发酵工业所用的菌种总趋势是从野生菌转向突变菌，自然选育转向代谢育种，从诱发基因突变转向基因重组的定向育种。由于发酵工程本身的发展以及基因工程的介入，藻类、病毒等也正在逐步地变为工业生产用的微生物。工业生产常用的微生物。
1.细菌
细菌(bacteria)是自然界分布最广、数量最多的一类微生物，属单细胞原核生物，比较典型的二分分裂方式繁殖。细胞生长时，环状DNA染色体复制，细胞内的蛋白质等组分同时增加一倍，然后在细胞中部产生一横段间隔，染色体分开，继而间隔分裂形成两个相同的子细胞。如间隔不完全分裂就形成链状细胞。
工业生产常用的细菌有：枯草芽孢杆菌、醋酸杆菌、棒状杆菌、短杆菌等。用于生产淀粉酶、乳酸、醋酸、氨基酸和肌苷酸等等。
⒉酵母菌
酵母菌(yeast)为单细胞真核生物，在自然界中普遍存在，主要分布于含糖较多的酸性环境中，如水果、蔬菜、花蜜和植物叶子上，以及果园土壤中。石油酵母较多地分布在油田周围的土壤中。酵母菌多为腐生，常以单个细胞存在，以发芽形式进行繁殖，母细胞体积长到一定程度时就开始发芽。芽长大的同时母细胞缩小，在母子细胞间形成隔膜，最后形成同样大小的两细胞，如果子芽不与母细胞脱离就形成链状细胞，称为假菌丝。在发酵生产旺期，常出现假菌丝。
工业上用的酵母菌有：啤酒酵母、假丝酵母、类酵母等。分别用于酿酒、制造面包、生产脂肪酶(lipase)以及生产可食用、药用和饲料用酵母菌体蛋白等。
⒊霉菌
霉菌(mould)不是一个分类学上的名词。凡生长在营养基质上形成绒毛状、网状或絮状菌丝的真菌统称为霉菌。霉菌在自然界分布很广，大量存在于土壤、空气、水和生物体内外等处。它喜欢偏酸性环境，大多数为好氧性，多腐生，少数寄生。霉菌的繁殖能力很强，它以无性孢子和有性孢子进行繁殖，多以无性孢子繁殖为主。其生长方式是菌丝末端的伸长和顶端分支，彼此交错呈网状。菌丝的长度既受遗传性的控制，又受环境的影响，其分支数量取决于环境条件。菌丝或呈分散生长，或呈菌丝团状生长。
工业上常用的霉菌有：藻状菌纲的根霉、毛霉、犁头霉，子囊菌纲的红曲霉，半知菌类的曲霉、青霉等。它们可用于生产多种酶制剂、抗生素、有机酸及甾体激素(steroid hormone)等。
⒋放线菌
放线菌(actinomycetes)因菌落呈放线状而得名。它是一个原核生物类群，在自然界中分布很广，尤其在含有机质丰富的微碱性土壤中较广。大多腐生，少数寄生。放线菌主要以无性孢子进行繁殖，也可借菌丝片段进行繁殖。后一种繁殖方式见于液体浸没培养中。其生长方式是菌丝末端伸长和分支，彼此交错成网状结构，成为菌丝体。菌丝长度既受遗传性的控制，又与环境相关。在液体浸没培养中由于搅拌器的剪切应力作用，常常形成短的分支旺盛的菌丝体，或呈分散生长，或呈菌丝团状生长。它的最大经济价值在于能产生多种抗生素(antibiotic)。从微生物中发现的抗生素，有60％以上是放线菌产生的，如链霉素、红霉素、金霉素、庆大霉素等。常用的放线菌主要来自以下几个属：链霉菌属、小单孢菌属和诺卡菌属等。
⒌担子菌
所谓担子菌(basidiomycetes)就是人们通常所说的菇类(mushroom)微生物。担子菌资源的利用正引起人们的重视，如多糖、橡胶物质和抗癌药物的开发。近几年来，日本、美国的一些科学家对香菇的抗癌作用进行了深入的研究，发现香菇中1,2-β-葡萄糖苷酶及两种糖类物质具有抗癌作用。
⒍藻类
藻类(alga)是自然界分布极广的一类自养微生物资源，许多国家已把它用作人类保健食品和动物饲料。培养螺旋藻，按干重计算每公顷(1 ha = 104 m2)可收获60 t，而种植大豆每公顷才可收获4 t；从蛋白质产率来看，螺旋藻是大豆的28倍。培养珊列藻，从蛋白质产率计算，每公顷珊列藻所得蛋白质是小麦的20～35倍。此外，还可通过藻类将CO2转变为石油，培养单胞藻或其它藻类而获得的石油，可占细胞干重的5％～50％，合成的油与重油相同，加工后可转变为汽油、煤油和其它产品。有的国家已建立培植单胞藻的农场，每年每公顷地，培植的单胞藻按5％干物质为碳水化合物(石油)计算，可得60 t石油燃料。此项技术的应用，还可减轻因工业生产而大量排放CO2造成的温室效应。国外还有人从“藻类农场”获取氢能的报道，大量培养藻类，利用其光合放氢来获取氢能。
（三）微生物与农业生产
微生物与农业生产的关系十分密切，如耕作层土壤、动物胃肠道等均是由多种微生物共同组成的一个复杂的生态系统，这个系统里有有益微生物，也有一些有害的微生物种类，如病原菌、腐败细菌等，这些微生物之间互相作用、互相影响，如有益微生物的数量增加，就可抑制有害微生物的生长繁殖。根据这种现象人们有目的地筛选出一些有益的微生物种类，并加以培养繁殖制成有益生物菌制剂。将有益生物菌制剂施入土壤则可以提高土壤的有效养分含量，减少病害的发生，提高农产品品质。例如微生物肥料。目前，我国是世界上最大的化肥生产和消费国，但是化肥会削弱庄稼生产能力、加剧环境污染、浪费大量紧缺资源等弊端。微生物肥料在维系与提高土壤生产力、改善农产品品质、降低病虫害发生、保护农田生态环境以及夯实国家粮食和食品安全方面均具有不可替代的作用，对发展“两高一优”农业和实现“绿色工程”以及提高人民生活水平，具有重要的意义。成为未来肥料的优良选择。
（四）微生物与环境保护
环境保护和污染环境的生物修复是21世纪全球性的一项战略任务，微生物可在其中发挥不可取代的重大作用。例如1利用微生物肥料、杀虫剂或农用抗生素等来取代会严重污染环境和不可降解的化学肥料或化学农药2利用微生物生产的PHB、PHB或聚乳酸制造易降解的医用塑料、快餐盒等制品以减少“白色污染”3利用微生物的降解、氧化等生化活性来净化生活污水、有毒工业污水和生活有机垃圾4利用微生物来检测环境的污染度，如用艾姆氏方法检测“三致”物质，利用EMB培养基检测饮用水等样品中的肠道菌群，以及利用发光细菌来检测水源的污染度等。
（五）微生物与生命科学基础研究
微生物学促进许多重大理论问题的突破为分子生物学和分子遗传学的发展奠定了基础，微生物对生命科学研究技术做了重大贡献由于微生物学的消毒灭菌，分离培养等技术的渗透和应用的拓宽及发展，动植物细胞可以再培养在平板或三角瓶里，可以再显微镜下分离。今天的转基因动物，转基因植物的转化技术也源于微生物的理论和技术。微生物的重大发现导致了DNA重组技术和遗传工程的出现，使整个生命科学翻开了新的一页，也将使人类定向改变生物、根治疾病、美化环境的梦想成为现实。微生物一方面在与其他学科交叉和相互促进中，获得了令人瞩目的发展。另一方面也为整个生命科学的发展做出了巨大的贡献，并在生命科学的发展中占有重要地位。
微生物与人类的关系：
人类与微生物是和平共处，相互制约，相互依存，处于一种动态平衡状态。
微生物对人类的益处：绝大多数微生物对人类、动物及植物都是有益的，而且都是必须，如果自然界没有微生物的存在，植物就不能进行代谢，人类及动物也难以生存。正常情况下人体不会发生感染性疾病。寄居在人体口腔、鼻腔、咽喉腔以及消化道的菌群都是无害的，而且有的还能抵抗病原微生物。这是处于一种平衡状态，一旦被打破就可能产生疾病。
微生物对人类的害处：正常菌群与宿主之间的生态平衡在某些情况下可以被打破，形成生态失衡，而导致疾病。这样在正常时不致病的正常菌群就成了致病菌。比如说，身体长期使用抗生素，把”坏”的菌群消灭了，同时也把”好”的菌群也杀死了，这时身体就出现”菌群失调”状态，就会”生病”，因此要补充益生菌。
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