为了控制有害的细菌病毒污染，必须在池水中合理投加消毒剂。对于家庭用户，最常用的消毒剂有溴及其化合物、氯及其化合物。
溴和氯一样能杀灭细菌、病毒和藻类，并能起到氧化作用。单质溴在室温下是红棕色的液体，用于泳池消毒的是颗粒状的含有溴和氯的甲基化合物。在循环系统中加入这种化合物，进而分解出次溴酸和次氯酸。溴消毒的费用高于氯消毒，但其适用的pH范围较广。在软水条件下，宜采用溴作为消毒剂，其浓度应保持在4～6 mg/L。
次氯酸是主要的消毒剂，它的作用机理是：①穿透微生物的细胞壁，破坏微生物的蛋白质和酶系统；②通过氧化作用消除水中的有机和无机污染物。
次氯酸的来源有次氯酸钙或氯气。次氯酸钙是氢氧化钙吸收氯气后形成的颗粒状物质，为稳定的化合物。次氯酸钙投加到水中以后会释放出氯气，因而可以用作泳池的消毒剂。投加次氯酸钙会使水中的钙离子浓度和pH升高，这对于使用软水的游泳池是有利的。应有足够的加氯量，使池水中的余氯保持在0.4～0.6 mg/L。
当池水中的有机物浓度较高时，会出现NH 2 Cl，NHCl 2 及NCl 3 的混合物。这是由氯分子同池水中的含氮化合物发生反应而产生的。这样就失去了消毒作用，特别是NCl 3 会使池水散发出难闻的气味。只有进一步加大氯投加量，才能使NCl 3 分解，此时水中的氯浓度不再持续上升，只有等NCl 3 分解后才会继续上升，即专业上所谓的折点加氯。
当游泳池连续一段时间未能补充足够的新鲜水时，水中的氰尿酸(Cyanuric Acid)含量过高，还会出现氯锁定现象，即氯主要以2个或3个氯分子联合体的形式存在，从而失去了消毒作用。对于氰尿酸达到多少浓度时会发生这种情况尚未定论，一般认为其浓度在160 mg/L左右时氯锁定效应最为明显。池水发生氯锁定以后，加大氯投加量可以缓解这一情况，但长久之计是补充更多的新鲜水。
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