水体中藻类与菌类的对立统一关系–简称为“菌藻关系理论”，是解释这一现象的更合理的基础理论，掌握好这一理论您就会对更多的水污染现象给出合理的理论解释，单纯用富营养化来解释这些水污染现象是片面的；更多内容请参阅：水体中的菌藻关系与青岛浒苔灾害–《2013中国环境科学学会学术年会论文集（第五卷）》2013年 ***ki.com.cn/Article/CPFDTOTAL-HJKP201308006008.htm
菌藻关系理论指出：
从生态作用的角度看，水中的藻类和菌类之间是相互抑制又相互利用的对立统一的关系，菌类分解有机物产生营养盐提供给藻类，藻类吸收营养盐生产有机物提供给菌类；菌类分解掉水中的有机物后逐渐死亡，使水质逐渐清洁，又促进藻类的繁殖；藻类吸收掉水中的营养盐后也会逐渐死亡，死亡的藻类会使水中的有机物增加又促进菌类的繁殖；清洁的水质会使藻类吸收更多的太阳光促进藻类的繁殖，也会透射更多太阳光中的紫外线而抑制菌类的繁殖；污浊的水质使藻类不能吸收太阳光而抑制藻类的生长，也会遮挡太阳光中的紫外线而促进菌类的繁殖。
水体能承载有机物的能力是有限的，如水体中的有机物浓度过量就会促使水中的菌类过量繁殖造成水体污浊乃至水体腐败、黑臭，这种现象我们称之为称之为“菌类污染”或“菌类水质灾害”，该过程我们称之为“菌类过程”。
水体中的污染物以有机物为主、且有机物的浓度过量(可参考有机污染指数A>1 [3])的污水我们称之为“有机污水”；人类的生活污水主要是有机污水，若不经处理直接排放，就会使江河湖海发生水质污浊乃至黑臭的菌类污染。
菌类污染发生的两个基本条件：适宜的温度、较污浊的有机污水。
水体能承载无机氮、磷等营养盐的能力也是有限的，水体中的营养盐浓度过量会促使水中的藻类过量繁殖，这种现象我们称之为称之为“藻类污染”或“藻类水质灾害”，该过程我们称之为“藻类过程”，如青岛绿藻灾害、太湖蓝藻灾害、海洋赤潮、海洋绿潮等。
水体中的污染物以无机氮、磷等（如：NH4-N、NO3-N、PO4-P 等）营养盐为主、且营养盐的浓度过量(可参考富营养化指数E>1 [3])的污水我们称之为“无机污水”。水中的藻类利用光合作用吸收二氧化碳、太阳能、营养盐等生产绿藻、蓝藻等藻类有机物；吸收掉水中的营养盐后藻类死亡，会使水中的有机物增加，又促使水中菌类开始繁殖，几经反复最终又达到水中的有机物与营养盐等新的生态平衡。
藻类污染发生的基本条件是：适宜的水温、充足的阳光、较清洁的无机污水；
爆发哪种藻类灾害与水的温度、营养盐的浓度、藻类的竞争能力等多种因素有关；如：Fong等人实验发现：低营养盐浓度下，浮游微藻为优势竞争者；高营养盐浓度下，附着性大型海藻及片状蓝藻为优势竞争者。
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