小肠是人体重要的营养物质消化和吸收的器官，也是消化道中最长的一段，大部分成年人的小肠全长在5-7米；小肠的肠道里面还存在着大量的皱褶和绒毛，这就大大增加了肠道的表面积，这都是为了有利于营养物质的消化和吸收。
人们还把小肠划分为三段，即十二指肠、空肠和回肠。十二指肠的长度只有25-30厘米，中间还有总胆管和胰腺的共同开口，胆汁和胰腺就是由这个开口流入小肠，参与食物的消化；空肠的内径增大，管壁增厚，内含丰富的血管，有利于营养的吸收；回肠上接空肠，下接结肠，也是营养吸收的重要部分。
各部分小肠肠壁的结构都是类似的，分为粘膜层、黏膜下层和肌肉层，内含大量的血管、淋巴管和神经。小肠在小肠神经丛的作用下不停的蠕动，将食糜与各种消化液充分混合，并不停地将食物推动下行，食糜在整个肠道的停留时间约为3-8个小时，这都有利于食物被肠道充分消化和吸收。
肠道本身也存在着大量的腺体用来分泌肠液，它与胆汁、胰液共同构成了肠道消化液的组成部分。这些消化液中都含有大量的消化酶，分别负责蛋白质、糖分和脂肪类的消化。蛋白质、糖分和脂肪必须通过消化液的分解，成为结构简单的小分子物质才能被肠道吸收入血或者淋巴。
我们吃进去的大分子营养物质并不会被人体直接利用，只有通过肠道的分解和其他器官的合成转化才能真正成为我们身体的一部分。食物在肠道里完成了全部的消化过程和大部分的吸收过程，这就是小肠的基本作用。
《黄帝内经.素问》：小肠者，受盛之官，化物出焉，小肠分三段，十二指肠、空肠、回肠，十二指肠的起端连胃，回肠末端连盲肠，空肠位在中间。在十二指肠有胆管出口，当食入脂肪，胆囊收缩将储存的来自肝细胞分泌的胆汁从这个出口泌出，促进脂肪消化，也促进脂溶性维生素A、维生素D、维生素K的吸收。胰腺分泌的各种酶、酶原、胰岛素也通过胰腺管从这个出口排入十二指肠，消化吸收蛋白质、脂肪和糖。
小肠的作用就是进一步消化吸收来自胃初步消化过的食物。中医根据当时中央制度类比取象，封小肠为“受盛之官”，“化物出焉”，即司化物之职。除了消化吸收，还有将吸收所剩的糟粕排入大肠以排出体外的功能，此即”泌别清浊”。小肠吹收的水份从膀胱排出，此谓“下达膀胱”。”泌别其清浊宣通”为小肠的功能。
从消化、吸收、传化的功能看小肠，中西医大致相同。但从类比取象的角度，小肠与心（君主之官）相表里，关系密切。心是皇上，小肠相当宰相，在这里小肠除了消化吸收物质营养，还将吸收的所有精神信息进行“泌別清浊”，将对心有用的信息传交给心，再由心定夺并拟出”诏书”通过三焦（决渎之官）从水路发送全身各官。这就“主明则下安”，“主不明十二官危”的道理。
从病理角度，小肠功能失常会引起的常见疾病为小肠气（疝气），肠梗阻，十二指肠溃疡以及引起的肠出血，肠穿孔等。小便异常，中医也归小肠病，如尿频尿急尿痛属小肠火，(这在西医是泌尿系感染)，小肠火则是心火下移所致。
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