益生元是可以促进肠道有益菌生长，减少肠道中有害菌比例的低聚/多聚糖的俗称。益生元常用的包括：低聚异麦芽糖，低聚果糖，低聚半乳糖，低聚木糖，异构化乳糖，抗性糊精，聚葡萄糖，贝塔葡聚糖，多聚果糖（菊粉），抗性淀粉，大豆低聚糖，低聚壳聚糖等，这些低聚糖，在我们国家的食品法规中，一部分作为食品原料使用，没有限量，一部分纳入食品添加剂管理使用。这些低聚糖，在肠道中作为有益菌的粮食，但是每种低聚糖促进哪种菌群的生长是不完全一样的，在分子基因检测技术没有完全应用到肠道菌群研究的时候，科学家们常常研究摄入低聚糖后，肠道菌群中双歧杆菌，乳酸菌的增殖，拟杆菌的减少，排出的粪便中有害物质的量，评估益生元的作用。近十年，随着基因检测技术广泛应用于肠道菌群的研究，科学家们发现肠道中的菌群结构，跟很多慢性疾病有相关性，比如二型糖尿病，脂肪肝等，所以肠道菌群是很多慢性疾病治疗的靶点，这种发现是科学的一大进步，使很多从前只停留在人体检测指标，器官的功能的治疗方法，有了重要的进步。而益生元作为肠道菌群的粮食，用哪些，用多少，目标调控的菌群是什么，都要通过细致的研究才能发现，也必须是不同的慢性疾病，调控的目标菌群不完全一样。所以要笼统的说哪种益生元好，是很难的，所以复合益生元的配方常常被设计出来。
摄入适量益生元，一段时间后，可以改变肠道环境，改变人体菌群结构，特别在慢性疾病的治疗和改善上，已经越来越多被科学家，医学专家，营养师应用于临床。
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