咖啡之中的咖啡因，对於提神有一定的功效，有特别强烈的苦味，刺激中枢神经系统、心脏和呼吸系统，适量的咖啡因亦可减轻肌肉疲劳，促进消化液分泌，所以餐後腹胀就可以喝点咖啡，工作疲惫也可以用咖啡来减压舒缓。
由於咖啡音会促进肾脏机能，对於排尿困难的人，有利尿作用，更可以帮助将人体内多馀的钠离子排出体外，保持钠的平衡，但摄取过多会导致咖啡因中毒，直接摄取太多也对胃不好，所以一般都会搭配牛奶和糖来稀释。
咖啡中有丹宁酸，煮沸後的丹宁酸会分解成焦梧酸，所以冲泡过久的咖啡味道会变差，但适当的丹宁酸可以防止蚜虫的攻击，有益於心脏血管疾病的预防，从医学的角度讲，鞣质是一种可以解毒的低毒性物质，咖啡所含鞣质在医学上也曾被应用於止血，曾用於治疗咽喉炎、扁桃腺炎、痔疮和皮肤皰症，制止腹泻、肠出血，鞣质能与金属、生物碱和糖苷等生成沉淀，对这些物质具有解毒作用，所以在古印地安人的雅玛时期，咖啡用於许多医药层面，军队出征之前都要饮用咖啡。
咖啡中含有脂肪，其中最主要的是酸性脂肪及挥发性脂肪，对人体酸碱值的中和是有益处的。
咖啡中有挥发性脂肪，这是咖啡香气主要来源，会散发出约四十种芳香物质，而这四十种芳香气息可以舒缓人体神经和肌肉，鼻赛时能够扩展鼻腔来通鼻，所以感冒的人喝咖啡除了利尿并舒缓肾脏之外，对於肺和呼吸器官也相当好，有助於感冒的痊愈。
咖啡中的蛋白质，虽然是卡路里的主要来源，但所占比例并不高，咖啡粉的蛋白质在煮咖啡时，多半不会溶出来，所以摄取到的有限，但这样的蛋白质也对细胞增生有益。
咖啡中含有单糖，咖啡生豆所含的糖分约8%，经过烘焙後大部分糖分会转化成焦糖，使咖啡形成褐色，并与丹宁酸互相结合而产生甜味，自然回甘，让舌尖到舌根的味蕾都能感受到一股股不同的味道。
咖啡含有天然可食用纤维，生豆的纤维烘焙後会炭化，与焦糖互相结合便形成咖啡的色调，喝了之後有益於肠胃蠕动，促进消化吸收，还可以解酒解乏，在抗氧化方面成效卓著，某种程度上能够抗老化，降低自由基的数量，延缓老化进行。
咖啡中更含有不少矿物质，即含有少量石灰、铁质、磷、碳酸钠等，这些都是对人体补充少量矿物质相当好的，所以饮用咖啡有益於身体健康。
饮用咖啡可能提高性欲和壮阳，所以早年马雅人结婚之夜，双方都要尽情喝咖啡来助兴，对男人来说或许比伟哥还有用。
咖啡因可提高女性性欲，性冷感的人喝上几杯，研究指出咖啡可能提高那些不常使用咖啡因的人的性体验，产生性愉悦感。
咖啡因可以减轻疼痛，研究发现饮用适量的咖啡，可以减轻健身后肌肉的疼痛。但是这也仅仅适用于不常引用咖啡的人，因为咖啡因喝多成瘾，在这方面效果比较没那麼明显。
咖啡因并不是咖啡里苦味的来源，因此造成带有刺激苦味的成分是抗氧化剂，黑咖啡也有更多的咖啡因，减缓老化之外，也能维持人体代谢平衡。
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