首先，可以肯定的讲：袁隆平先生的杂交水稻肯定不是转基因。因为我国目前还没有商业化种植的转基因水稻。
其次，转基因是基因工程的一种常用手段，也就是把一个生物体的基因转移到另一个生物体DNA中,并使其表达出相应的蛋白。具体一点就是通过人类的技术手段将外源DNA整合到载体上（一般是细菌质粒），然后由载体将这些外源DNA转入目标细胞的DNA上，让这些外源DNA和宿主细胞的DNA一起表达产生蛋白质。转基因作物的目的是为了更加高效的育种，同时为了让作物产量更高，还能简化农业耕种的程序，因为作物转入的基因一般是抗虫或者抗除草剂的，2009年张启发院士拿到证书的华恢1号和Bt籼优63就是转入了bt抗虫基因（但是并没有进行商业化生产）。此外还有一些是转入为了有助于贮藏（西红柿，因消费者并不喜欢这个口味，所以也没有大面积的商业生产）或者提高营养利用价值（同样是09年拿到安全证书的转植酸酶玉米，但因品种审定唯一通过，所以也没有获得商业化生产）的基因。
另外，我国的转基因植物的生产管理、食品和环境安全评价等的审批过程是非常严厉的。最终通过审定，进行商业化种植的作物肯定是安全的，可以放心食用。
所以，如果袁隆平先生的杂交稻里面如果转入了哪怕一个外源基因，也不叫杂交稻，而叫转基因水稻了。
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科盲太多，杂交水稻是杂交种选育技术，目前比较成功是三系杂交育种技术，三系就是指雄性不育系、保持系和恢复系，三系杂交种就是雄性不育系通过与保持系杂交保持不育，不育系通过与恢复系杂交恢复后代育性，也即杂交种是可育的，才能打粮。转基因育种技术是通过把目标外源基因转移到作物品种（或材料）中，这个作物品种（或材料）可以是常规品种，也可以是雄性不育系、保持系或恢复系，如果用转基因不育系或恢复系进行杂交制种，就可获得转基因杂交水稻。请不要将杂交育种技术与转基因育种技术相对立，二者是可以结合的，作物品种改良技术发展趋势就是常规育种技术、杂交种育种技术与分子育种技术相结合。可怕的是世界育种巨头这二者的结合比我国育种界做的要好很多。近年我国在这方面与世界先进水平的差距不仅没有缩小，还拉大了。由于目前我国还没有批准转基因水稻的生产利用（这类品种没有区试，也没有审定），和转基因常规稻品种一样，转基因杂交水稻品种也没有在生产上应用。
杂交育种是常规育种，转基因育种与常规有本质区别。常规育种是相同种类不同品种间的基因互换(优势基因重组)，没有在人类食物中产生新的物质。转基因育种是在植物细胞核的遗传物质(基因链)中人为加入了新的遗传物质，如把苏云金杆菌细胞核中控制形成BT毒蛋白的基因片段用分子枪加入到水稻细胞核的遗传基因链上，使水稻具有和苏云金杆菌一样，产生BT毒蛋白的功能，从而杀死鳞翅目害虫。实质上，转基因育种是人为创造了新的物种，这一新物种含有人类食物中原来不存在的新物质，所以引起人们对转基因食品安全的质疑。另外，转基因作物的种植，还会对自然生态环境造成不可逆的影响，这也是人们质疑转基因的又一个原因。因此，杂交水稻和转基因是两回事。
不要混淆概念，用一些似是而非的概念来为转基因（不加甄别）洗白，本质距别：杂交是水稻不同品种之间优秀基因重新排列组合，选优；而转基因是水稻基因中打入自认为的优秀基因，这些打入的基因，很多不一定是水稻本身的基因。
问题就来了，别的物种的基因转过来，与水稻（本物种）本身基因差别很大，不能兼容，这就是转基因作物不能遗传的根本原因（留作种子），就如同一个人身上换了钛合金（比喻，不要跟我纠结钛合金能不能做心脏）心脏，他的后代绝对不会遗传钛合金心脏一样！
问题之二：既然是外来基因，那么转基因作物出来的粮食有没有危害就不确定，实验表明有的转基因对动物没有危害，或者危害很小，有的对动物危害很大。这也就是为什么转基因报告中有的没有危害，有的报告有危害的原因。那些挺转派没有说明这些区别一味的挺，并骂别人白痴。而反转派由于担心可能的危害，这是情有可原的。
其实，对转基因正确的态度是：转基因确实是物种进化的高效方式，大部分人不是不接受。但是，某个转基因作物，必须经过严格长时间的实验，证明其无害，方可推广！而那些挺转派，很强势的让人接受所有的转基因作物，并信口雌黄笼统的说转基因没有害的，其目的令人警惕！
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